爪水虫や水虫の診断は、似たような他の疾患である可能性もあるため、目視だけでは正確な判断ができません。たとえ熟練した医師でも、見た目だけで判断していたら誤診してしまう可能性があります。
爪水虫であると確定するためには、顕微鏡を使った検査が必要です。水虫菌は真菌（カビ）です。真菌はウイルスなどより大きいため、顕微鏡で見ることができますので水虫であるかどうかの判断ができるのです。検査は爪の濁っている部分を削って行われますので、通常痛みはありません。安心して受けるようにしましょう。
検査に必要な時間は、わずか10分程度ですから、水虫の診察で検査を行ってもらえなかったら、なぜなのか医師に尋ねてみるとよいでしょう。その返答によって、本当に信頼できる医師かどうかのひとつの判断材料になるかもしれません。
なお、水虫菌は細菌やウイルスより大きいとはいえ、顕微鏡では種類の特定をすることはできません。意外かもしれませんが、水虫の原因である白癬菌には多くの種類があります。種類があるということは症状にもちがいがあり、爪水虫の症状などにもちがいがでます。「治りやすい種類の水虫菌なのか、そうでないか」、「症状が激しいのか否か」、「治るまでにどういった経過をたどるのか」などの判断をするには種類の特定が必要になります。
水虫菌の種類を特定するためには、培養検査が行われることになります。ただし、培養検査を行い結果がでるまでには、ひと月近くという長い期間が必要になりますから、実際には培養検査まで行われることはあまりありません。